Ferramentas prontas são excelentes quando o processo da empresa é parecido com o padrão do mercado. Elas reduzem tempo, custo inicial e manutenção.
O sistema sob medida começa a fazer sentido quando a regra do negócio é parte da vantagem operacional, quando os controles paralelos se multiplicam ou quando a empresa precisa conectar fluxos que não cabem bem em uma ferramenta única.
A decisão deve considerar adoção, manutenção, integração, dados e evolução. Nem todo problema merece software próprio; mas alguns problemas custam caro justamente por tentarem caber em ferramentas genéricas.